Tugas dan Wewenang MRP menurut pasal 20 ayat (1) UU No.21 Tahun 2001,ialah:
Tugas MRP :
Memberikan pertimbangan dan Persetujuan terhadap pasangan bakal calon Gubernur dan Wakil Gubernur yang diusulkan oleh DPRP;
Memberikan pertimbangan dan persetujuan terhadap calon anggota Majelis Permusyawaratan Rakyat Republik Indonesia utusan daerah Provinsi Papua yang diusulkan oleh DPRP;
Memberikan pertimbangan dan persetujuan terhadap rancangan perdasus yang diajukan oleh DPRP bersama-sama dengan Gubernur;
Memberikan saran, pertimbangan, dan persetujuan rencana perjanjian kerjasama yang dibuat oleh pemerintah maupun Pemerintah Provinsi dengan pihak ketiga yang berlaku diwilayah Papua, khususnya yang menyangkut perlindungan hak-hak orang asli Papua;
Memperhatikan dan menyalurkan aspirasi pengaduan masyarakat adat, umat beragama, kaum perempuan, dan masyarakat pada umumnya yang menyangkut hak-hak orang asli papua serta memfasilitasi tindak lanjut penyelesaiannya;
Memberikan pertimbangan kepada DPRP, Gubernur, DPRD Kabupaten/Kota serta Bupati/Walikota mengenai hal-hal yang terkait dengan perlindungan hak-hak orang asli Papua
Kewenangan MRP :
Majelis Rakyat Papua memiliki wewenang dalam rangka perlindungan hak-hak dasar orang asli Papua yang dilandasi dengan proteksi dengan penghormatan terhadap adat, budaya, seni, pemberdayaan, religi, perempuan dan pemantapan kerukunan hidup beragama sebagaimana diatur dalam UU RI No 21 Tahun 2001 Junto UU RI nomor 35 tahun 2008 tentang otonomi khusus bagi provinsi papua.
Bahwa cita-cita Negara Kesatuan Republik Indonesia untuk membangun masyarakat yang adil, makmur dan sejahtera yang madani berdasarkan Pancasila dan Undang-undang Dasar 1945
Masyarakat Papua adalah insan ciptaan Tuhan dan merupakan bagian dari umat Manusia yang beradab, bijaksana, berakhlak, beridentitas dan menjunjung tinggi hak Asasi Manusia,hak-hak adat masyarakat lain,nilai-nilai agama, demokrasi, hokum dan nilai-nilai sosial budaya yang hidup dalam masyarakat hokum adat, serta memiliki hak untuk menikmati hasil pembangunan secara wajar.
Bahwa integrasi bangsa Indonesia dijaga dengan menghargai kesetaraan dan keragaman kehidupan sosial budaya masyarakat Papua sesuai ketetapan UU No,21 tahun 2001 tentang otonomi khusus bagi tanah papua
Penduduk asli tanah Papua adalah rumpun dari ras Melanesia yang berada diantara suku-suku bangsa di Indonesia yang memiliki keragaman adat istiadat, kebudayaan, sejarah dan bahasanya sendiri.
Penyelenggaraan Pemerintahan dan pelaksanaan pembangunan di Tanah Papua selama ini belum sepenuhnya mendukung terwujudnya Undang – Undang OTSUS, penegakan hukum, dan belum sepenuhnya menampakkan permohonan terhadap Hak Asasi di tanah Papua, khususnya masyarakat Papua sebagaimana yang diatur dalam resolusi PBB tahun 2013 dan Bhineka Tunggal Ika.
Dalam pengelolaan dan pemanfaatan hasil kekayaan alam (SDA) di Tanah Papua (Provinsi Papua dan Papua barat) belum digunakan secara optimal untuk meningkatkan taraf hidup masyarakat asli Papua, sehingga telah mengakibatkan terjadinya kesenjangan antara Provinsi di Tanah Papua dengan Provinsi di wilayah lain Indonesia serta merupakan pengabaian hak-hak dasar penduduk asli Papua.
Dalam rangka mengurangi kesenjangan antara Provinsi di Tanah Papua dengan Provinsi di daerah lain Indonesia, serta untuk meningkatkan taraf hidup masyarakat di tanah Papua, serta memberikan kesempatan kepada penduduk asli Papua, diperlukan adanya kebijakan khusus dalam kerangka pembangunan Papua dalam kesatuan Negara Republik Indonesia.
Harus dilakukan kebijakan berbasis potensi lokal Papua secara khusus untuk pembangunan Papua yang mana didasarkan pada nilai-nilai ke-Papua-an sesungguhnya yang mencakup perlindungan dan penghargaan terhadap etika dan moral, hak-hak dasar penduduk asli, HAM, supermasi hukum, demokrasi, pluralisme, serta persamaan kedudukan, hak dan kewajiaban sebagai warga Negara.
Hal-hal mendasar yang menjadi isi Undang-undang Nomor 21 Tahun 2001 adalah pertama, pengaturan kewenangan antara Pemerintah Pusat dengan Pemerintah Provinsi serta penerapan kewenangan tersebut di provinsi Papua yang di lakukan dengan kekhususan. Kedua, Pengakuan dan penghormatan hak-hak dasar orang asli papua serta pemberdayaannya secara strategis dan mendasar. Ketiga, mewujudkan penyelenggaraan pemerintahan yang baik yang berciri:
Partisipasi rakyat sebesar-besarnya dalam perencanaan, pelaksanaan dan pengawasan dalam penyelenggaraan pemerintahan serta pelaksanaan pembangunan melalui keikutsertaan para wakil adat,agama, dan kaum perempuan;
Pelaksanaan pembangunan yang diarahkan sebesar-besarnya untuk memenuhui kebutuhan dasar penduduk asli papua pada khususnya dan penduduk Provinsi Papua pada umumnya dengan berpegang teguh pada prinsip-prinsip pelestarian lingkungan, pembangunan berkelanjutan, keadilan dan bermanfaat langsung bagi masyarakat;
Dan Penyelenggaraan pemerintahan dan pelaksanaan pembangunan yang transparan dan bertanggung kepada masyarakat;
Pembagian wewenang,tugas, dan tanggung jawab yang tegas dan jelas antara badan legislative, eksekutif, dan yudikatif, serta Majelis Rakyat Papua sebagai representasi cultural penduduk asli Papua yang diberikan kewenangan tertentu.
Hak-Hak Dasar Orang Asli Papua, meliputi ;
Perlindungan hak hidup orang Papua di Tanah Papua yaitu suatu kualitas kehidupan yang bebas dari rasa takut, serta terpenuhi seluruh kebutuhan jasmani dan rohaninya secara baik dan proporsional;
Perlindungan hak-hak orang Papua untuk berkumpul dan mengeluarkan pendapat dan aspirasinya;
Perlindungan hak-hak orang Papua untuk terlibat secara nyata dalam kelembagaan politik dan pemerintahan melalui penerapan kehidupan berdemokrasi yang sehat;
Perlindungan kebebasan orang papua untuk memilih dan menjalankan ajaran agama yang diyakininya, tanpa ada penekanan dari pihak manapun;
Perlindungan kebudayaann dan adat istiadat orang Papua.
Pemberian Otonomi Khusus bagi Provinsi Papua dimaksudkan untuk mewujudkan keadilan, penegakan supremasi hukum, penghormatan terhadap HAM, percepatan pembangunan ekonomi, peningkatan kesejahteraan dan kemajuan masyarakat Papua dalam rangka kesetaraan dan keseimbangan dengan kemajuan Provinsi lain.
